7 Maret 1942, Kota Malang dan sekitarnya diduduki balatentara Jepang. Pengambilan alih pemerintah pada prinsipnya meneruskan sistem lama, hanya sebutan-sebutan dalam jabatan diganti dengan Bahasa Jepang. Selama penjajahan Jepang yang relatif pendek itu, Kotamadya Malang berhasil membuat 33 Peraturan Daerah.
21 September 1945, Komite Nasional Indonesia (KNI) Daerah dibentuk dan mengeluarkan pernyataan bahwa daerah Malang menjadi Daerah Republik Indonesia.
3 Oktober 1945 dilakukan pengambilan alih senjata dan pemerintahan dari Residen (Syutyokan) ke tangan Pemerintah Darurat yang dipimpin oleh Pejabat Residen yaitu Bupati R.A.A Sam, sedangkan Walikotanya adalah M. Sardjono Wirjohardjono.
